Des projets de thèses peuvent être proposés par des entreprises et bénéficier d'un support de financement sous la forme de contrat CIFRE. L'étudiant en thèse est inscrit dans une des écoles doctorales du site, en général l'ED MSTII (école doctorale Mathématiques, sciences et technologies de l'information, informatique). Ces projets doivent s'accompagner d'une collaboration de recherche avec un laboratoire.